每次起床肚子都隐隐的痛可能有以下几种情况：
多与长期工作压力大、精神高度紧张、情绪焦虑、抑郁等有关，常表现为晨起肚子隐痛，可伴有里急后重感，排便后可缓解，治疗较为困难，容易反复。可以通过口服益生菌制剂如凝结芽孢杆菌、酪酸梭菌调节肠道菌群，改善症状。
功能性消化不良的机体其胃肠道功能减退，胃肠道蠕动减慢，会出现晨起肚子隐隐的痛，部分伴有腹胀，可以通过口服莫沙比利、多潘立酮改善胃肠道动力，口服多酶片增加胃肠道消化酶，促进消化，但最主要的还是在饮食方面注意，避免进食油腻不易消化的食物，饮食选择温和易于消化的。
十二指肠溃疡常表现为空腹痛，可在半夜也可在晨起发作，主要跟十二指肠内胃酸过多有关，进食后可以缓解。通过胃镜检查可以明确。治疗上需要口服抑酸药，如奥美拉唑、雷贝拉唑等。饮食上注意戒酒，避免进食辛辣刺激食物。
此外，少数胃溃疡、结肠炎等患者也会出现上述症状，需注意鉴别。