卵巢早衰的原因主要有以下几种：
x染色体的数量和结构的完整性在维持女性卵巢正常结构，功能中起着重要的作用，一些遗传疾病如先天性卵巢发育不全，脆性x综合征等有先天性x染色体出现异常，导致卵巢发育不全而出现卵巢早衰。
一些免疫系统疾病如系统性红斑狼疮，类风湿性关节炎等由于机体产生异常抗体，会攻击正常的组织器官，卵巢因受损而出现功能紊乱，从而出现卵巢早衰。
乙型脑炎、腮腺炎等也会对卵巢的组织造成损害，从而引起卵巢早衰，长期接触辐射物质，如x线、放疗等会穿透机体正常组织而造成损伤，使患者出现卵巢早衰。