通常情况下，雌二醇低可能是由于卵巢功能减退、卵巢早衰、内分泌紊乱、严重营养不良等因素引起的。
女性体内的雌二醇水平偏低可能是由于女性年龄增长、遗传、吸烟、营养不良、长期焦虑、做过卵巢手术等因素损伤卵巢，导致卵巢功能减退，使其分泌的雌二醇水平下降导致的。
可能是由于染色体异常、自身免疫性疾病、医源性损伤、感染、长期接触环境中的毒物等因素破坏卵巢的血液供应或自身结构，对卵巢功能造成不可逆的损伤，从而引发卵巢早衰，使卵巢无法正常分泌雌二醇，出现雌二醇低的现象。
可能是由于年龄增长、营养不足、紧张情绪、环境污染、长期熬夜、失眠等因素导致内分泌失调，人体内的某些内分泌腺或细胞不能正常分泌激素，进而造成雌二醇低的现象。
可能是由于膳食中蛋白质、能量及其他营养素长期摄入不足、吸收不良或消耗增加而导致的机体生长发育和功能障碍，从而影响卵巢的正常功能，使得分泌雌二醇减少，造成雌二醇低的现象。