切除扁桃体会影响免疫力，还可能会影响到咽喉部位的分泌。
首先扁桃体属于免疫系统，它可以阻止细菌或病毒进入到下呼吸道，所以一般上呼吸道感染通常会出现扁桃体肿大等现象，如果将扁桃体切除，呼吸道会失去一层保护，容易引起下呼吸道感染。另外，扁桃体参与唾液的分泌，如果将扁桃体切除，可能会出现暂时性的咽喉部位干燥症状。
当然，如果扁桃体反复发炎，肿大严重时可能会影响到呼吸，这种情况下需要及时切除，避免影响到全身。