甲减会造成内分泌紊乱，影响月经周期和月经量，甚至会造成闭经、不孕等，临床表现为月经量的增多和月经周期的延长。
甲减会波及到下丘脑-垂体-性腺轴，致使性腺功能不全。此外，促甲状腺素与女性性腺激素中的促卵泡刺激激素和促黄体生成素，三种激素具有同源性，所以促甲状腺激素升高或降低，都将使甾体类激素，促卵泡刺激素和促黄体生成素水平改变，导致月经紊乱不排卵、月经周期失调。
随着甲减加重，月经异常也会更加严重，所以甲减对月经的影响是非常显著的。当育龄期女性出现月经紊乱、闭经、不孕时，应及时到医院排查甲状腺疾病。